コード（修正前）

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header('Content-Type: force-download');
header('Content-Disposition: attachment; filename='.$fileName);
header('Content-Length: '.filesize($filePath));

$handle = fopen($filePath, "r");
while(!feof($handle))
{
    echo fread($handle, 4096);
}
fclose();

3バイト増えるちゃん

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-rw-r--r-- 1 hogehoge なし 245239 9月  19 16:12 元ファイル.jpg
-rw-r--r-- 1 hogehoge なし 245242 9月  19 16:12 ダウンロードしたファイル.jpg

-rw-r--r-- 1 hogehoge なし  24543 9月  19 16:07 元ファイル.xlsx
-rw-r--r-- 1 hogehoge なし  24546 9月  19 16:07 ダウンロードしたファイル.xlsx

コード（修正後）

echo前にob_end_cleanを読んで出力バッファをクリアする

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header('Content-Type: force-download');
header('Content-Disposition: attachment; filename='.$fileName);
header('Content-Length: '.filesize($filePath));

ob_end_clean();     /* 追記 */

$handle = fopen($filePath, "r");
while(!feof($handle))
{
    echo fread($handle, 4096);
}
fclose();

参考：出力バッファリング制御