この問題を解決するため色々調べたのでメモ

環境

結論

chromedriverのissueより、 user-data-dirオプションを使って、選択値を保存しておくしか今の所方法は無さそう(もしあったら教えて下さい

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option.add_argument("--disable-dev-shm-usage")
option.add_argument("--disable-infobars")

option.add_argument("user-data-dir=/var/tmp/Profile") // ←これを追加

driver = webdriver.Remote(
options=option,
command_executor=url,
desired_capabilities=DesiredCapabilities.CHROME
)

なので、初回実行時のみ手動でVNCで接続し、Remember my choice for xdg-open linksにチェックを入れて処理を続行。その後、いったんdocker commitでイメージを更新したり、もしくは事前にuser-data-dirをVolumeで永続化しておく等しないといけないようです